day13example1

Ritland (1996) - single locus

## A1A1-A1A1
fm1 <- 1
fm2 <- 0
p1 = 0.8
(  ((fm1 - p1^2) / (p1)) +  ((fm2 - (1-p1)^2) / (1-p1))  ) 
## [1] 0.25
p1 =0.6
(  ((fm1 - p1^2) / (p1)) +  ((fm2 - (1-p1)^2) / (1-p1))  ) 
## [1] 0.6666667
## A1A1-A1A2
fm1 <- 0.5 
fm2 <- 0
p1 = 0.8
(  ((fm1 - p1^2) / (p1)) +  ((fm2 - (1-p1)^2) / (1-p1))  ) 
## [1] -0.375
p1 = 0.6
(  ((fm1 - p1^2) / (p1)) +  ((fm2 - (1-p1)^2) / (1-p1))  ) 
## [1] -0.1666667
## A1A2-A1A2
fm1 <- 0.25
fm2 <- 0.25
p1 = 0.8
(  ((fm1 - p1^2) / (p1)) +  ((fm2 - (1-p1)^2) / (1-p1))  ) 
## [1] 0.5625
p1 = 0.6
( ((fm1 - p1^2) / (p1)) +  ((fm2 - (1-p1)^2) / (1-p1))  ) 
## [1] 0.04166667
## A1A2-A2A2
fm1 <- 0
fm2 <- 0.5
p1 = 0.8
(  ((fm1 - p1^2) / (p1)) +  ((fm2 - (1-p1)^2) / (1-p1))  ) 
## [1] 1.5
p1 = 0.6
(  ((fm1 - p1^2) / (p1)) +  ((fm2 - (1-p1)^2) / (1-p1))  ) 
## [1] 0.25
## A1A1-A2A2
fm1 <- 0
fm2 <- 0
p1 = 0.8
(  ((fm1 - p1^2) / (p1)) +  ((fm2 - (1-p1)^2) / (1-p1))  ) 
## [1] -1
p1 = 0.6
(  ((fm1 - p1^2) / (p1)) +  ((fm2 - (1-p1)^2) / (1-p1))  ) 
## [1] -1
## A2A2-A2A2
fm1 <- 0
fm2 <- 1
p1 = 0.8
(  ((fm1 - p1^2) / (p1)) +  ((fm2 - (1-p1)^2) / (1-p1))  ) 
## [1] 4
p1 = 0.6
(  ((fm1 - p1^2) / (p1)) +  ((fm2 - (1-p1)^2) / (1-p1))  ) 
## [1] 1.5